有人知道新公司能不能直接申请铁路工程施工总承包资质吗？能申请几级

可以的，楼上的说得对，最低从三级办起，铁路工程施工资质标准你可以参考以下：
铁路工程施工三级的标准是：
第一，企业资产要净资产 800 万元以上
第二，人员配置：一级建造师不少于3人（铁路工程专业），中级职称铁道工程相关专业的不少于20人，技术负责人的话要5年以铁路工程施工技术管理经历才行，并且要有本类别二级资质工作业绩2项以上。五大员不少于20人和八大工不少于50人
注：铁道工程相关专业职称包括铁道工程、桥梁工程、隧道工程以及铁路线路、站场、路基、轨道等专业职称