坐便水箱漏水水表走的水吨数是实际吨数吗？

当然是实际吨数。
所有流过水表的水都会真实现实出来，也就是实际用水量。至于你是用水还是漏水，跟水表或自来水公司没有半毛钱关系。
既然发现存在漏水点，自己又很在乎用水量，就要及时维修，排除掉漏水的情况，而不是在这里来莫名其妙的问问题。
常用坐便器局部漏水维修难度并不大，很多时候只需要更换部件或改变使用方式就能解决。