医疗事故处理条例与侵权责任法之间相互冲突的法条是否会自动废止或失去效力呢？依据新法取代旧法的原则？

你的两种解释都不对。 是因为与侵权责任法相抵触而导致的无效。 因为，侵权责任法是国家法律，是上位法，医疗事故处理条例是行政法规，是下位法。 下位法不得与上位法相抵触，如有抵触，则抵触的内容无效，应适用上位法的规定。