我是农民个人交社会养老保险16年以退休五年了,因当时不知道军龄算退休年限我能否把军龄补上退休年限？

应该差不多。去当地武装部弄个证明，再带你的退伍证和身份证去社保局的退管办。
估计以前的不会给你补发了，期待以后发给你军龄钱就行了。