如果中甲球队拿了足协杯冠军，能代表踢亚冠吗？

当然可以的。
根据中国足协的规定，足协杯冠军将获得一个亚冠正赛名额，无论是谁获得了足协杯冠军都可以，目的是为了让各支球队重视足协杯的比赛。
比如2015年中国的亚冠名额为2+2，其中2个正赛名额，一个为上赛季中超冠军，一个就是上赛季足协杯冠军；2个附加赛名额为上赛季中超的第二和第三名（当足协杯冠军是中超前三名时，那么中超第四名将获得亚冠附加赛资格），所以中甲球队唯一能晋级亚冠的途径就是获得足协杯冠军。