我现使用三菱plc连接中间继电器控制220v电磁阀，现出现点磁阀短路，请问会影响plc的程序吗？

不会的，plc内部是采用光电耦合来传送数字和模拟量信号，不存在电的直接联系。短路电流最多烧坏模块，换一个就好了。程序不会有任何问题。