土地使用证上面写着住房用途,但房产证写着商业住房用途这样合法吗？

不管合法不合法， 还是要更具你实际房屋用途来定结论。 如果你们当地有这样明文规定的话，那就看那个作为最后的依据来判断合法不合法。