日本人在中国上海超过时间180天的限制了怎么办

主动去公安局出入境部门说明情况，请求谅解吧！
最近针对外国人的出入境法规变得比较严格，超期的日本人可能会收到一些行政处罚或罚款。
如果是初犯，且确实不是故意行为，可能会宽大处理。如果继续放任这个状况，最坏情况可能因非法滞留被遣送出境，并限制今后入境。