三证合一是不是要先去工商局办理然后再去税务局变更税号？

是的。三证合一是要先去工商局办理，然后再去税务局变更税号。
三证合一后的税务局变更说明
变更“三证合一”造成税号的变化，从而影响涉税业务的办理，请认真阅读以下条款，并已办理完成相关的手续才可变更税号，特此告知。
一、已完成征期报税、申报并已缴纳税款（如果本月已开具发票也可以变更税号）。
二、如果已签订三方协议，需到导税台领取终止三方协议及新三方协议；到国税三方协议窗口查询并确认终止三方协议；到开户行终止三方协议并签订新三方协议。
三、未开具发票作废并确认